|
| |
|
|
Barley Proteomic Studies Related to Beer Production
Benkovská, Dagmar ; Márová, Ivana (oponent) ; Ehrenbergerová, Jaroslava (oponent) ; Zdráhal, Zbyněk (oponent) ; Bobáľová, Janette (vedoucí práce)
This work is focused on barley proteomic studies in relation to the beer production. Barley belongs between the most important crops in the world and its greatest use is for malting purposes, most commonly for the brewing industry. Studies of barley proteins during malting and brewing provide information about changes in protein composition or their post translational modifications. Since the protein composition and their modifications are essential for the quality of malt and beer, barley proteomic studies have a potential to improve the malting and brewing process. The main goal of this thesis is to investigate barley water-soluble proteins and their changes that occur during the malting and brewing process. The differences in protein composition were investigated using gel electrophoresis, reversed phase and size exclusion liquid chromatography, and MALDI-TOF mass spectrometry. The amount of some proteins is increasing and some new proteins are created in the germinated grain during the malting process. Contrary, many proteins are decomposed during the brewing process due to the high temperature and enzymatic activity of some proteases. Only some proteins belonging to the family of pathogenesis related proteins resist these harsh conditions and pass into the beer where they can influence several important quality properties. Furthermore, various barley varieties and their differences were investigated. Varieties allowed for the production of certified Czech beer were compared to one variety with well proven malting properties and one non-malting barley variety. In addition, alcohol soluble barley proteins and their changes during the malting process were investigated as well. A special attention was paid to selected post-translational modifications of proteins, namely glycosylations. Non-enzymatically glycosylated barley proteins (or glycated proteins) are formed during the malting process considering the large amount of glucose released from the starch degradation, and influence the protein stability as well as the beer quality, especially foaming properties. Enzymatic N-glycosylation represents the most frequently studied post translational modification in plants because glycoproteins play a key role in various biological functions. Since glycoproteins are often present in a small amount, their enrichment from a complex mixture is required for their analysis. Lectin concanavalin A affinity chromatography was used for barley glycoproteins investigation. Moreover, the analysis of the carbohydrate part of glycoproteins was optimized. This doctoral thesis brings important information about barley proteins, their modifications and analysis that are useful for further studies.
|
|
|
Role glykosylace ionotropních glutamátových receptorů v savčích neuronech
Danačíková, Šárka ; Horák, Martin (vedoucí práce) ; Kriška, Ján (oponent)
Glutamát je nejvíce zastoupeným excitačním neuropřenašečem v centrální nervové soustavě savců. Existují dva typy glutamátových receptorů, ionotropní a metabotropní, které se nacházejí v excitačních synapsích savců. Práce je zaměřena na ionotropní glutamátové receptory, které mají klíčovou roli v procesech učení a paměti. Hlavní subtypy ionotropních glutamátových receptorů byly označeny podle svých specifických agonistů: α-amino-3- hydroxy-5-methyl-4-isoxazolpropionové kyseliny (AMPA), N-methyl-D-aspartátu (NMDA) a kainátu. Všechny typy ionotropních glutamátových receptorů, které se skládají do formy tetramerů, obsahují mnoho glykosylačních míst, které mohou být modifikovány glykany nebo monosacharidy. Glykany a monosacharidy navázané na receptory regulují klíčové procesy jako je skládání podjednotek, transport na buněčný povrch nebo funkce receptorů. Bylo zjištěno, že abnormální glykosylace ionotropních glutamátových receptorů může mít význam v rozvoji neurologických a psychiatrických poruch jako je například schizofrenie. Tudíž porozumění molekulárním mechanismům, které se podílejí na regulaci glykosylace ionotropních glutamátových receptorů, může mít význam pro vývoj nových způsobů léčby pacientů se změněnou funkcí glutamátergních synapsí v centrální nervové soustavě.
|
|
|
Vliv elučního roztoku na obohacení a přečištění glykopeptidů pomocí SPE-HILIC
Chobotová, Michaela ; Kozlík, Petr (vedoucí práce) ; Křížek, Tomáš (oponent)
Změny v glykosylaci proteinů souvisejí s různými nemocemi jako je rakovina nebo Alzheimerova choroba. Bohužel, analýza glykoproteinů zůstává obtížným úkolem kvůli nízkému podílu glykopeptidů ve srovnání s peptidy získanými po štěpení glykoproteinu. V důsledku toho je téměř nemožné analyzovat glykopeptidy bez specifických kroků obohacení. Vhodnou metodou na obohacení glykopeptidů je extrakce na pevné fázi (SPE) využívající princip hydrofilní interakční kapalinové chromatografie (HILIC). Jelikož výběr rozpouštědla významně ovlivňuje obohacení glykopeptidů, cílem této diplomové práce bylo porovnat vliv různých rozpouštědel na účinnost extrakce glykopeptidů pomocí SPE-HILIC. Extrakce byla prováděna na kolonce s oxidem křemičitým modifikovaným aminopropylovými skupinami. Modelovými analyty byly glykopeptidy získané tryptickým štěpením lisdkého IgG. Při porovnání acetonitrilu, methanolu a isopropanolu byl jako vhodné eluční rozpouštědlo vybrán acetonitril. Při kondicionačním a promývacím kroku byl měněn obsah acetonitrilu (65%, 75% a 85%), přičemž se snižujícím se množstvím acetonitrilu se zrychluje eluce glykopeptidů. V elučním kroku byla zkoumána účinnost různého obsahu acetonitrilu (5%, 10% a 20%), kdy k nejrychlejší eluci docházelo při nejvyšším obsahu acetonitrilu v elučním roztoku. Zkoumání různého...
|
|
|
Glykoproteinový profil ejakulátu mužů jako marker jeho kvality
Pavlová, Hana ; Postlerová, Pavla (vedoucí práce) ; Krejčová, Tereza (oponent)
Glykoproteiny jsou nepostradatelnou složkou glykokalyxu spermií. Vznikají procesem kotranslační či posttranslační modifikace, glykosylace, při které jsou sacharidové řetězce, takzvané glykany, připojovány na peptidový řetězec. Glykoproteiny participují na reprodukčních procesech a jejich přítomnost je často klíčová pro úspěšnou fertilizaci. Míra glykosylace glykoproteinů je velmi variabilní a je dána zastoupením sacharidových jednotek v glykanech. Již dříve bylo zjištěno, že míra glykosylace může souviset s fertilitou jedince. Diplomová práce je zaměřena na porovnání zastoupení terminálních sacharidů, sialové kyseliny a fukózy, v glykoproteinech spermií a semenné plazmy pacientů s normálními a abnormálními parametry ejakulátu. Zjišťována byla celková míra sialylace a fukosylace v semenné plazmě a dále míra sialylace a fukosylace konkrétních detekovaných glykoproteinů spermií a semenné plazmy. Signifikantní rozdíl byl zaznamenán pouze při detekci celkové fukosylace glykoproteinů semenné plazmy. Následnými korelačními testy však byly zjištěny důležité souvislosti mezi mírou sialylace a fukosylace glykoproteinů a parametry ejakulátu, konkrétně objemem, morfologickými abnormalitami spermií, probíhající apoptózou, a především přítomností protilátek proti spermiím v ejakulátu. Také byly identifikovány...
|
|
|
Glykoproteiny ve slinách krevsajících členovců
Sumová, Petra ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Mikeš, Libor (oponent)
Krevsající členovci injikují během sání krve obsah svých slinných žláz do hostitele. Sliny krevsajících členovců obsahují celé spektrum bioaktivních makromolekul, jejichž hlavní funkcí je umožnění sání krve. Proti řadě těchto molekul je ovšem namířena protilátková odpověď hostitelského imunitního systému. Detekce této protilátkové odpovědi může, díky mezidruhovým odlišnostem v proteinovém složení slin, sloužit jako měřítko expozice hostitele jednotlivým druhům krevsajících členovců. Molekulami vyvolávajícími protilátkovou odpověď mohou být proteiny nebo glykoproteiny. Glykoproteiny jsou proteiny, na něž jsou glykosidicky vázány oligosacharidové řetězce. Za antigenní vlastnosti slinných glykoproteinů mohou být zodpovědné obě jejich složky, či pouze cukerná nebo proteinová část. Tuto skutečnost je třeba zohlednit při výběru expresního systému pro syntézu rekombinantních glykoproteinů. Tato práce shrnuje poznatky o struktuře, funkci a vlastnostech slinných glykoproteinů různých druhů krevsajících členovců.
|
|
|
Charakterizace transgenních forem dipeptidylpeptidasy IV exprimovaných v astrocytární buněčné linii U373MG
Vomelová, Ivana ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Vaníčková, Zdislava (oponent)
Dipeptidylpeptidasa-IV (DPP-IV) je serinová proteasa, jejíž enzymová aktivita spočívá v odštěpování dipeptidů X-Pro z N-terminálního konce jejích substrátů. Řadu biologických funkcí je molekula DPP-IV schopna vykonávat neenzymově. Předchozí práce naší laboratoře prokázaly zvýšenou expresi DPP-IV ve vysokostupňových astrocytomech. Pro detailní studium enzymových a neenzymových funkcí DPP-IV v experimentálním modelu byly připraveny klony astrocytární buněčné linie U373MG transfekované enzymově neaktivní, mutovanou DPP-IV (mutDPP-IV) a enzymově aktivní DPP-IV přirozeného typu (wtDPP-IV). Enzymově neaktivní mutDPP-IV byla připravena bodovou mutací aminokyseliny serin, která je součástí aktivního centra. Buňky U373MG byly transfekovány doxycyklinem regulovatelným expresním systémem Tet-On® . K další analýze transgenních forem DPP-IV byly použity metodiky k ověření exprese na úrovni proteinu, enzymové aktivity a subcelulární lokalizace. U vyselektovaných doxycyklinem indukovaných buněk U373MG mutDPP-IV a U373MG wtDPP-IV, exprimujících mutovanou resp. přirozenou formu DPP-IV, narůstala exprese transgenních forem DPP-IV se zvyšující se koncentrací doxycyklinu a s prodlužujícím se časem indukce. U doxycyklinem indukovaných buněk U373MG exprimujících wtDPP-IV byl nárůst exprese provázán s nárůstem enzymové...
|
|
|
Studium molekulárních mechanismů eliminace klinicky významných nádorů zabíječskými buňkami.
Libigerová, Martina ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Bosáková, Zuzana (oponent)
Sacharidy mají základní úlohu v široké škále biologických jevů. Je dobře známo, že většina eukaryotických bílkovin je glykosylovaných a že jejich glykosylace prochází dynamickými změnami, které stále ještě nejsou zcela objasněny. Nicméně, jedna z oblastí, ve které se význam povrchové glykosylace buněk stal v poslední době předmětem aktivního výzkumu, jsou nádorové plasmatické membrány, kde by mnoho změn v glykosylaci, mohlo být užitečných pro diagnózu a hlavně i pro léčbu zhoubných onemocnění. Zajímavé glykokonjugáty povrchu buněk, a to N-vázané a O-vázané oligosacharidy byly nalezeny terapeuticky atraktivní pro léčbu některých nádorů. A i když naše chápání účasti těchto hlavních tříd glykanů ve vzniku nádorů není ani zdaleka kompletní, existuje již několik příkladů protinádorové vakcíny na bázi sacharidů. Proto jsme se rozhodli tomuto tématu hlouběji věnovat, zejména molekulárním mechanismům zodpovědným za rozpoznání změn povrchové nádorové glykosylace buňkami imunitního systému. Přestože byly v minulosti v naší laboratoři identifikovány některé receptory lektinového typu specifické pro lektinové receptory přirozených zabíječských buněk, velmi málo je doposud známo o jejich tzv. endogenních ligandech na povrchu nádorových buněk, zejména na buněčném povrchu klinicky významných nádorů. Rozhodli jsme...
|
|
|
Charakterizace glykoforem haptoglobinu v lidském séru
Darebná, Petra ; Pompach, Petr (vedoucí práce) ; Ptáčková, Renata (oponent)
Charakterizace glykoforem haptoglobinu v lidském séru Petra Darebná (Katedra biochemie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze, Česká republika) Změny v glykosylaci proteinů jsou spojovány s nádorovými onemocněními, především s hepatocelulárním a kolorektálním karcinomem. Tato práce se zabývá využitím na datech nezávislé analýzy pomocí iontově cyklotronové rezonance s Fourierovou transformací a tandemové hmotností spektrometrie s kapalinovou chromatografií a sledováním více reakcí ke kvantifikaci těchto změn u hepatocelulárního karcinomu, kolorektálního karcinomu a kolorektálního karcinomu s metastázemi do jater. V první fázi projektu byl haptoglobin směsných sér pacientů s hepatocelulárním karcinomem, kolorektálním karcinomem a kolorektálním karcinomem s metastázemi nabohacen pomocí hemoglobinu, imobilizovaného na aktivovanou CNBr Sepharosu 4B a následně purifikován pomocí vysokotlaké kapalinové chromatografie. Jednotlivé glykopeptidy haptoglobinu byly analyzovány pomocí iontově cyklotronové rezonance s Fourierovou transformací. V druhé fázi projektu byla použita pro analýzu změn glykosylace v závislosti na různém nádorovém onemocnění séra jednotlivých pacientů, u nichž byl částečně depletován albumin pomocí etanolového srážení. Jednotlivé fukosylované glykoformy N-glykopeptidů...
|
|
| |
host ::
RSS.